2016-10-15 【NGSハンズオン2016】第1部 統計解析 - ゲノム解析、塩基配列解析

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本日の統合TVは、2016年7月19日(火) ~ 8月4日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 平成28年度 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「第1部 統計解析 (農学生命情報科学特論I) ゲノム解析、塩基配列解析」をお送りします。約4時間51分です。
本講習では、主に
・NGS解析手段、ウェブツール(DDBJ Pipeline)との連携
・k-mer解析(k個の連続塩基に基づく各種解析)の基礎と応用
・塩基ごとの出現頻度解析(k=1)、2連続塩基の出現頻度解析(k=2)
・塩基配列解析を行うための基本スキルの復習や作図
・de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方
をハンズオン形式で学びます。
講義資料 (PDF: 約7.3MB)
解析データ (ZIP: 約2.2MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。

見どころダイジェスト
1. NGS解析手段、ウェブツール(DDBJ Pipeline)との連携 (0:08:02)
2. DDBJ PipelineでPlatanusを実行 (0:26:06)
3. k-mer解析(k個の連続塩基に基づく各種解析)の基礎~塩基ごとの出現頻度解析(k=1)~ (0:34:39)
4. k-mer解析(k個の連続塩基に基づく各種解析)の基礎~一気に計算~ (0:56:04)
5. k-mer解析(k個の連続塩基に基づく各種解析)の基礎~2連続塩基の出現頻度解析(k=2)、基本スキルの復習や作図~ (1:22:30)
6. de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方~ランダムな塩基配列(仮想ゲノムおよび仮想NGSデータ)の作成~ (2:11:18)
7. de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方~k-mer解析の応用、ゲノムサイズ推定の基礎~ (2:39:33)
8. de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方~ゲノムサイズ推定(1,000 bpの仮想ゲノムの場合)~ (3:04:24)
9. de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方~ゲノムサイズ推定(1,000 bpの仮想ゲノム;4X → 10X coverageの場合)~ (3:15:58)
10. de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方~k-mer出現頻度分布~ (3:28:02)
11. de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方~シークエンスエラーを含む場合~ (3:56:10)
12. de novoアセンブリ時のエラー補正やゲノムサイズ推定の基本的な考え方~最終確認~ (4:19:31)

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2016.143

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