2015-11-15 【NGSハンズオン2015】NGS解析 - RNA-seq

YouTube版を視聴できない方はオリジナル版ファイル(mov形式)をダウンロードして、ご覧ください。

本日の統合TVは、2015年7月22日(水) ~ 8月6日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、アメリエフ株式会社 山口 昌男 氏 による「NGS解析 - RNA-seq」をお送りします。約2時間52分です。
講義資料PDF (2015.09.03版; 約4MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。

見どころダイジェスト
1. RNA-seq とは (0:00:40)
2. RNA-seq 解析:パイプライン (0:02:20)
3. RNA-seq 解析でできること (0:04:22)
4. RNA-seq 解析:データ〜酵母のゲノムのリファレンス取得&配列確認〜 (0:06:07)
5. RNA-seq 解析:データ〜DDBJ DRA について〜 (0:10:50)
6. RNA-seq 解析:データ〜シーケンスデータ取得〜 (0:20:50)
7. RNA-seq 解析:データ〜シーケンスデータを確認〜 (0:28:17)
8. RNA-seq 解析:クオリティコントロール〜シーケンスデータのクオリティを確認〜 (0:29:40)
9. 応用)PolyA/T tail の混入 (0:43:00)
10. RNA-seq 解析:クオリティコントロール〜最初の 1 塩基を削除〜 (0:43:27)
11. RNA-seq 解析:クオリティコントロール〜PolyA/T tail を除去 1〜 (0:51:59)
12. 応用)アダプタ配列を除去するソフト (0:57:48)
13. RNA-seq 解析:クオリティコントロール〜PolyA/T tail を除去 2 &質疑応答〜 (0:59:23)
14. RNA-seq 解析:クオリティコントロール〜クオリティの低いリードを除外〜 (1:08:51)
15. RNA-seq 解析:クオリティコントロール〜クリーニング結果の確認〜 (1:19:13)
16. RNA-seq 解析:マッピング〜TopHat の使い方を確認〜 (1:28:30)
17. RNA-seq 解析:マッピング〜マッピング〜 (1:37:15)
18. RNA-seq 解析:マッピング〜マッピング率〜 (1:48:30)
19. ポイント)TopHat のアルゴリズム (1:53:00)
20. RNA-seq 解析:マッピング〜マッピング結果の可視化〜 (1:53:26)
21. ポイント)遺伝子の発現量 ≠ 遺伝子上にマップされたリード数 (2:10:53)
22. RNA-seq 解析:発現定量〜Cufflinks の使い方を確認〜 (2:14:40)
23. RNA-seq 解析:発現定量〜発現量を計算〜 (2:18:58)
24. 応用)サンプル間比較 (2:29:06)
25. 質疑応答 (2:48:09)

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2015.104

こちらの番組もオススメ

    キーワードをクリックすると関係する動画・講習会資料・新着論文レビューが表示されます

    • 実習
    • AJACS
    • NGS
    • RNA-seq
    • 発現解析
    • パイプライン
    • NGS速習・ハンズオン

    発表スライドやポスターの作成に便利なフリー画像もあります