2015-11-13 【NGSハンズオン2015】NGS解析 - NGS解析基礎

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本日の統合TVは、2015年7月22日(水) ~ 8月6日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、アメリエフ株式会社 山口 昌男 氏 による「NGS解析 - NGS解析基礎」をお送りします。約4時間33分です。
講義資料PDF (2015.09.02版; 約3MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。

見どころダイジェスト
1. 講義内容 (0:03:40)
2. ファイル形式〜NGS 解析でよく使われるファイル形式〜 (0:04:35)
3. ファイル形式 | fastq (0:06:24)
4. ファイル形式 | bam/sam (0:15:24)
5. ファイル形式 | vcf (0:41:27)
6. ファイル形式 | bed (0:54:26)
7. ファイル形式 | fasta (1:06:01)
8. データの入手の仕方 (1:14:16)
9. データの可視化〜Integrative Genomics Viewer (IGV)〜 (1:20:34)
10. データの可視化 | インデックスの作成 (1:34:00)
11. データの可視化 | インデックスの作成〜IGV の場合〜 (1:46:30)
12. 質問「登録されていないゲノムデータを IGV で使用したい場合は?」 (1:58:46)
13. データのクオリティチェック〜FastQC〜 (2:02:01)
14. 質問「データの使える使えないの基準は?」&その他質疑応答 (2:26:13)
15. マッピング (2:39:30)
16. マッピング〜Reseq の場合〜 (2:51:31)
17. マッピング〜RNA-seq の場合〜 (2:59:34)
18. マッピング〜Methyl-seq、その他の場合〜 (3:09:57)
19. アセンブリング (3:12:45)
20. 質問「作業時間とその作業に必要なメモリの見積もりは?」 (3:19:00)
21. 休憩時間中の質疑応答、その他 (Vague) (3:29:30)
22. Velvet 〜初めて Velvet を使ってみる〜 (3:38:49)
23. Velvet 〜velveth〜 (3:47:58)
24. Velvet 〜velvetg〜 (3:55:05)
25. Velvet 〜Velvet に必要なメモリ〜 (3:59:11)
26. Velvet 〜Velvet を GUI で動かす (Vague を使用)〜 (4:03:12)
27. Velvet 〜Vague の実行〜 (4:10:12)
28. Velvet 〜Vague の実行結果〜 (4:24:32)

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2015.102

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