2015-11-12 【NGSハンズオン2015】データ解析環境R - Bioconductorの利用法

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本日の統合TVは、2015年7月22日(水) ~ 8月6日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「データ解析環境R - Bioconductorの利用法」をお送りします。約4時間46分です。
講義資料PDF (2015.07.31版; 約7MB)
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見どころダイジェスト
1. 前講義 (R基礎) の訂正〜Overrepresented seq. (例題4)〜 (0:00:20)
2. 本日の講義内容 (0:03:48)
3. パッケージ (0:04:40)
4. R 本体とパッケージの関係 (0:17:43)
5. CRAN と Bioconductor (0:19:10)
6. R 本体 と Bioconductor のバージョンアップ (0:21:57)
7. パッケージのインストール (0:26:58)
8. Bioconductor 概観 (0:30:13)
9. Bioconductor 概観〜library(XXX)〜 (0:55:02)
10. ゲノム配列パッケージ (BSgenome) 利用の意義 (1:02:19)
11. BSgenome (1:03:46)
12. BSgenome 〜質問「R での検索方法は?」〜 (1:10:41)
13. BSgenome 〜installed.genomes()〜 (1:22:15)
14. ヒトゲノム情報パッケージの解析〜BSgenome 例題9〜 (1:26:33)
15. ヒトゲノム情報パッケージの解析〜BSgenome 例題10〜 (1:43:42)
16. ヒトゲノム情報パッケージの解析〜BSgenome 例題9・26番目以降の配列について〜 (1:46:18)
17. プロモーター配列取得 (1:49:35)
18. プロモーター配列取得〜例題1〜 (1:52:45)
19. プロモーター配列取得〜例題3〜 (1:56:55)
20. プロモーター配列取得〜質問「自分達のサンプルを調べたい場合の方法は?」〜(2:00:33)
21. プロモーター配列取得〜Tips: sessionInfo〜 (2:02:34)
22. プロモーター配列取得〜パッケージのインストール〜 (2:06:01)
23. プロモーター配列取得〜バージョンの違い〜 (2:08:52)
24. プロモーター配列取得〜FASTA 形式ファイルと GFF3 形式ファイル〜(2:35:06)
25. プロモーター配列取得〜例題7〜 (2:37:49)
26. 質問「プロモーター配列の取得方法の違いについて」(2:52:19)
27. プロモーター配列取得〜データの型〜 (2:58:59)
28. library(help=パッケージ名) (3:14:01)
29. パッケージ概観 (3:18:21)
30. プロモーター配列取得〜例題7の目的をおさらい〜 (3:24:47)
31. 残りのコードを概説 (3:25:46)
32. プロモーター配列取得〜データの型〜 (3:28:08)
33. プロモーター配列取得〜例題8〜(3:33:56)
34. 遺言(3:36:09)
35. R を用いた検証例 (例題7、例題14) (3:39:19)
36. Linux を用いた検証例 (3:42:11)
37. 質疑応答 (3:46:10)
38. FASTQ ファイルの各種解析 (Linux と R を相補的に活用) (3:48:36)
39. FASTQ ファイル解析 (3:49:44)
40. FastQC と QuasR の実行結果 (3:51:11)
41. FastQC マニュアル (4:02:06)
42. FastQC (4:04:06)
43. FastQC のオプション (デフォルトと--nogroup あり) の違いによる Kmer Content 項目の結果の違い (4:12:35)
44. 様々な状況証拠を収集 (4:16:25)
45. QuasR (トリム前とトリム後) (4:21:06)
46. 末端塩基のトリム (例題4) (4:25:34)
47. 例外処理 (4:29:34)
48. R での検証 (4:40:01)

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2015.101

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