2015-11-11 【NGSハンズオン2015】データ解析環境R - R基礎

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本日の統合TVは、2015年7月22日(水) ~ 8月6日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、東京大学大学院農学生命科学研究科 門田 幸二 特任准教授 による「データ解析環境R - R基礎」をお送りします。約4時間29分です。
講義資料PDF (2015.07.27版; 約6.7MB)
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見どころダイジェスト
1. おさらい (0:05:33)
2. 解析基礎2 (「基本的な利用法」PDF 中) (0:07:38)
3. 作業ディレクトリとフォルダ中のファイルの確認 (0:09:56)
4. コマンド群のコピペと実行結果 (0:15:17)
5. コードの中身の説明 (0:21:48)
6. R コード中の色の使い分けの説明とそれを踏まえた応用例 (0:24:02)
7. ありがちなミス (0:36:54)
8. コード内部の説明〜読み込み〜 (0:45:40)
9. コード内部の説明〜行列要素へのアクセス〜 (0:53:08)
10. Tips: 関数とオプション (1:05:31)
11. Tips: タブ補完 (1:07:11)
12. Tips: table 関数 (1:09:21)
13. Mac の標準テキストエディタについて (1:13:20)
14. Tips: ソート (1:17:11)
15. Tips: is.element 関数 (1:22:24)
16. Tips: "二重クォーテーション" (1:27:22)
17. 目的をおさらい (1:28:55)
18. 例題1、例題12、例題13 (1:38:42)
19. リアル RNA-seq カウントデータ (数値行列データ) (1:44:31)
20. カウントデータ (1:45:51)
21. 数値行列 (1:47:15)
22. xls形式ファイルもOK (1:51:35)
23. #以降は無視される (1:55:47)
24. 作業フォルダと解析ファイルの存在確認、及び詳細情報の確認 (1:56:42)
25. Linux の場合 (1:59:45)
26. 入力ファイルの読み込み確認 (2:01:08)
27. head 関数 (2:16:40)
28. colnames 関数 (2:23:00)
29. paste 関数 (2:24:08)
30. length は要素数 (2:26:14)
31. 列の並びがイマイチ (subsetting の具体的なテクニック) (2:29:31)
32. 列名で並び替え (2:32:50)
33. cbind 関数 (2:36:00)
34. cbind 関数 (2:36:00)
35. 例題41 (データの概観) (2:42:10)
36. colSums, range 関数 (2:51:50)
37. apply, min, max 関数 (2:54:12)
38. colMeans, rowMeans 関数 (2:57:08)
39. summary 関数 (3:00:06)
40. 各種の補正 (3:05:14)
41. TCC パッケージを用いたクラスタリング (例題7) (3:08:39)
42. サブセット抽出と整形 (例題42) (3:20:27)
43. R各種パッケージ (中級):代表的なパッケージの利用法 (3:27:01)
44. 基本情報取得 (コンティグ数、配列長、N50、GC含量) (3:29:43)
45. 基本情報取得 〜N50 とは〜 (3:34:12)
46. 基本情報取得 〜N50 とは〜 (3:34:12)
47. 基本情報取得 〜コード内部の説明〜 (3:36:33)
48. 基本情報取得 〜Tips: 条件判定〜 (3:43:58)
49. 任意の領域の切り出し (3:49:38)
50. 任意の領域の切り出し〜Tips: 関数のオプション〜 (3:51:31)
51. 任意の領域の切り出し〜Tips: 関数の使用法〜 (4:00:04)
52. 任意の領域の切り出し〜FastQCと同じ結果を得る〜 (4:04:29)
53. 任意の領域の切り出し〜Overrepresented seq. (例題4)〜 (4:07:16)
54. GC 含量計算部分の説明 (4:11:01)
55. GC 含量計算部分の説明〜配列ごとの GC 含量を計算〜 (4:25:36)

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2015.100

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