2015-07-08 Cytoscape の使い方〜遺伝子発現を例にしたデータの可視化〜

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Cytoscapeとは、生物学上のパスウェイや分子間相互作用ネットワークを可視化&解析できるフリーソフトです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。外部のデータベースから情報を取得したり、ネットワークに関する情報を統合することもできます。 「Cytoscape の使い方 〜インストール・基本操作編〜」ではCytoscapeの導入方法と基本的な使い方を説明しました。 この動画では、Cytoscape バージョン 3.2.1 に付属のサンプルデータを使用して、大腸菌Gal4ノックアウト株のマイクロアレイデータを例に、大規模なデータを読み込んで、発現量の変動を可視化し、ネットワークの一部分を抽出する方法について説明します。 Cytoscapeの使い方の資料として過去のAJACS講習会で使われた講義資料PDFもご参考ください。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2015.064

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