2010-05-07 Pfamを使ってタンパク質のドメインを調べる

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Pfamとはタンパク質ドメインのデータベースです。検索システムにはHMMERが使われており、これにより高速で精度の高い配列解析を行うことが出来ます。今回は、HMMERが組み込まれているInterProScanを使うことにより配列のドメイン検索を行い、そこからPfamを使用してドメインの情報を調べています。サンプルデータとして、ES細胞の分化多能性を支えるHomeoboxタンパク質であるNanogのアミノ酸配列を使って説明しています。また、動画中で簡単に紹介しているJalViewは、Jalviewを使い倒す〜配列解析・系統樹編〜で詳しく紹介されています。こちらもぜひ御覧下さい。

見どころダイジェスト

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2010.044

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