2010-04-05 CLC Sequence Viewerを使い倒す〜配列入手から系統樹作成まで〜

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CLC Sequence ViewerCLC Bio社が提供するフリーの統合解析環境で、マルチプルアラインメントの作成・編集、系統樹作成、様々なフォーマットに応じた出力機能など多機能を備えています。また、Windows, MacOSX, UNIXとマルチプラットフォームで動作します。配列比較に使用したデータはヘム生合成に関与する鉄挿入酵素Ferrochelataseです。比較対照はヒト・マウス・ニワトリの真核生物グループと大腸菌・枯草菌・シアノバクテリアの真性細菌グループの計6生物種です。今回はCLC Sequence Viewerを用いて配列入手からマルチプルアラインメントの作成から系統樹の描写・画像出力までを紹介します。 インターネット接続をプロキシを介して行っている場合、別途このCLC Sequence Viewer上においてもその設定を行う必要があるので注意してください。CLC Sequence Viewerを起動し、「Edit」→「Preferences」→「Advanced」とたどっていくと、プロキシ設定の画面になるので、ここにプロキシの情報を記入します。CLC Sequence Viewerを再起動すれば設定したプロキシが有効になります。

見どころダイジェスト

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2010.031

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