2010-01-28 ClustalWで解析した結果をTreeView Xで描写する

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ClustalWは複数のDNA配列やアミノ酸配列に対してマルチプルアライメントを行うツールです。EMBL-EBIの他にDDBJKEGGでも同様のサービスが提供されています。また、TreeView Xはデンドログラムや系統樹などを描写するフリーソフトで、WindowsやUNIXでも利用できるマルチプラットフォームのソフトウェアです。 今回使用するデータは「BLAST検索でヒットしたエントリ群のmulti fastaファイルを取得する 」で取得された上位20件のアミノ酸配列を使用し、ClustalWで解析されたデンドログラムの情報を使って系統樹を描写しています。 今回はClustalwとTreeView Xを使用していますが、そのほかにも動画内で紹介しているJalViewでも同じようなことができます。

見どころダイジェスト

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2010.008

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