2007-08-30 FANTOM_CAGEデータによる転写開始点をEnsemblで可視化する

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理化学研究所 横浜研究所 ゲノム科学総合研究センター遺伝子構造・機能研究グループによるCAGE(Cap Analysis Gene Expression; 「ケージ」と発音します)のデータはその数が非常に多いため、その利用は困難となってしまっていることが多いようです。最近、Ensembl Genome BrowserのDAS sourceの一つに、このCAGEタグのゲノムへのマッピングデータが追加されました(ヒトとマウス)。それを用いて興味あるゲノム領域(たとえば注目している遺伝子のプロモーター領域など)にCAGEタグがどれぐらいマッピングされているかをウェブ上で簡単に調べることができるようになっています。ここではヒトのPPARG(Peroxisome Proliferator-Activated Receptor gamma)を例に、その5'領域にマッピングされたCAGEタグの位置をEnsembl Genome Browser上で調べる手順を解説し、現状での問題点を指摘しています。

見どころダイジェスト

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2007.015

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