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統合TV (togotv) [配列解析]

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配列解析

  • 2007-08-08#p01 NCBI BLASTを使って機能未知塩基配列の機能を推定する
  • 2007-08-09#p01 CLUSTALWで配列のアラインメントを作成する
  • 2007-08-29#p01 高速アラインメントツールBLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す
  • 2007-09-14#p01 ウイルスの持ち出した宿主の遺伝子配列がコードされている領域をアミノ酸配列レベルでゲノム中から探し当てる
  • 2007-09-26#p01 BLAST検索でヒットしたエントリ群のmulti fastaファイルを取得する
  • 2007-10-16#p01 PSI-BLASTで類縁の配列を調べ倒す
  • 2007-11-15#p01 InterProScanを使ってアミノ酸配列の特徴を検索する
  • 2007-11-20#p01 EMBOSS transeqで塩基配列をアミノ酸配列に変換する
  • 2007-11-22#p01 GenePaintを使ってマウスの胚や脳における遺伝子発現の局在を調べる
  • 2007-12-27#p01 DBTSSを使って遺伝子の発現制御領域(プロモーター領域)を調べる
  • 2008-02-14#p01 Ensembl tips 配列の比較をする
  • 2008-03-06#p01 Ensembl tips 〜塩基配列のアラインメントを作成する〜
  • 2008-05-02#p01 UCSC Table Browserを使い倒す
  • 2008-06-11#p01 機能既知遺伝子をデータベースから検索する(1/3 ARSA による既知遺伝子の検索)
  • 2008-06-12#p01 機能既知遺伝子をデータベースから検索する(2/3 ClustalWによる系統解析)
  • 2008-06-13#p01 機能既知遺伝子をデータベースから検索する(3/3 TreeViewによる系統樹作成)
  • 2008-09-26#p01 遺伝子のRefSeq IDを調べる
  • 2008-10-11#p01 配列のアラインメント作成ツールClustalWを使い倒す
  • 2008-11-07#p01 ESTデータベース Entrez Unigeneを使い倒す
  • 2008-12-06#p01 EMBOSS fuzznucを使い倒す
  • 2008-12-24#p01 Local blast の使い方〜ダウンロード編〜
  • 2008-12-25#p01 Local blast の使い方〜設定編〜
  • 2008-12-26#p01 Local blast の使い方〜データベース準備編〜
  • 2008-12-27#p01 Local blast の使い方〜検索実行編〜
  • 2008-12-28#p01 Local blast の使い方〜オプションを使った検索編〜
  • 2009-02-10#p01 Bodymap-XSを使い倒す
  • 2009-02-20#p01 Ensembl tips 〜塩基配列のアラインメントを作成する〜2009
  • 2009-03-10#p01 Galaxyを使い倒す-特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップする
  • 2009-03-12#p01 How to list the intersection of specific TFBS and upstream region of genes using Galaxy
  • 2009-03-28#p01 植物ESTボディーマップを使い倒す
  • 2009-06-04#p01 InterProScanを使ってアミノ酸配列の特徴を検索する
  • 2009-06-19#p01 高速アラインメントツールBLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す2009
  • 2009-07-08#p01 NCBI BLASTを使って類似配列を検索する
  • 2009-07-17#p01 Trace Archiveを使い倒す
  • 2009-07-24#p01 EMBOSS prettyseqを使い倒す
  • 2009-07-25#p01 EMBOSS geeceeを使い倒す
  • 2009-08-21#p01 EMBOSS sixpackを使い倒す
  • 2009-08-28#p01 QUMAを使い倒す〜1、メチル化状態解析モード〜
  • 2009-08-29#p01 QUMAを使い倒す〜2、統計解析モード〜
  • 2009-09-04#p01 EMBOSS mergerを使い倒す
  • 2009-09-18#p01 EMBOSS dottupを使い倒す
  • 2009-09-24#p01 EMBOSS needleを使い倒す
  • 2009-10-30#p01 EMBOSS emmaを使い倒す
  • 2009-11-06#p01 EMBOSS waterを使い倒す
  • 2009-11-12#p01 EMBOSS wordmatcherを使い倒す
  • 2009-12-18#p01 EMBOSS showalignを使い倒す
  • 2009-12-26#p01 分子生物学会ワークショップ〜TogoDBを用いたシダESTデータベースAcESTの構築〜
  • 2010-01-28#p01 ClustalWで解析した結果をTreeView Xで描写する
  • 2010-02-26#p01 EMBOSS restrict,remapを使い倒す
  • 2010-03-04#p01 Jalviewを使い倒す〜配列解析・系統樹編〜
  • 2010-03-15#p01 Ensembl tips 配列の比較をする 2010
  • 2010-04-05#p01 CLC Sequence Viewerを使い倒す〜配列入手から系統樹作成まで〜
  • 2010-04-15#p01 NCBI BLASTの使い方 〜基本編〜 2010
  • 2010-05-10#p01 CLC Sequence Viewerを使い倒す〜外部データの取り込みから制限酵素切断地図の作成まで〜
  • 2010-05-11#p01 Primer BLASTの使い方
  • 2010-05-19#p01 Website for Alternative Splicing Predictionの使い方
  • 2010-06-17#p01 今日からはじめるDDBJ Read Annotation Pipeline
  • 2010-06-24#p01 MiGAPの使い方〜導入と基本操作〜
  • 2010-07-05#p01 相同性検索と系統解析 〜BLASTとClustalW〜
  • 2010-10-15#p01 ウイルスの持ち出した宿主の遺伝子配列がコードされている領域をアミノ酸配列レベルでゲノム中から探し当てる 2010
  • 2010-11-25#p01 EMBOSS preg を使い倒す
  • 2011-01-19#p01 Local BLAST の使い方〜導入・準備編〜 2011
  • 2011-02-16#p01 ClustalWを使い倒す 2011
  • 2011-02-25#p01 Local BLAST の使い方〜検索実行・オプション編〜 2011
  • 2011-02-26#p01 DDBJ Read Annotation Pipelineによるde novo Assembly解析
  • 2011-03-02#p01 ESTデータベース Entrez Unigeneを使い倒す 2011
  • 2011-04-20#p01 Local BLAST の使い方〜導入・準備編(MacOSX版)〜 2011
  • 2011-05-28#p01 CLC Workbench シリーズの使い方〜導入方法編〜
  • 2011-06-07#p01 PSI-BLASTで類縁の配列を調べ倒す 2011
  • 2011-06-08#p01 Local BLAST の使い方〜検索実行・オプション編(MacOSX版)〜 2011
  • 2011-06-20#p01 UCSC Table Browserを使い倒す 2011
  • 2011-06-27#p01 CLC Workbench シリーズの使い方 〜基本操作編〜
  • 2011-06-28#p01 CLC Genomics Workbench でショートリードのマッピングを行う
  • 2011-07-05#p01 MEGAを使って配列アラインメントおよび系統解析をする
  • 2011-07-26#p01 signalPでタンパク質のシグナル配列を予測する
  • 2011-09-16#p01 Ensembl tips 配列を比較する 2011
  • 2011-12-16#p01 NetStartを使って開始コドンを予測する
  • 2012-02-14#p01 DBCLS Galaxy/TogoDBの使い方
  • 2012-02-16#p01 Human Protein Reference Databaseを使ってヒトタンパク質の情報を調べる
  • 2012-05-25#p01 DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜配列変換編〜
  • 2012-06-15#p01 DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜アラインメント編〜
  • 2012-08-21#p01 DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜配列検索編〜
  • 2012-08-27#p01 DBCLS Galaxy EMBOSSの使い方〜ドットプロット編〜
  • 2012-10-30#p01 ウイルスの持ち出した宿主の遺伝子配列がコードされている領域をアミノ酸配列レベルでゲノム中から探し当てる 2012
  • 2013-02-27#p01 タンパク質配列・構造解析ツールStrapを使い倒す 〜基本編〜
  • 2013-04-24#p01 タンパク質配列・構造解析ツールStrapを使い倒す 〜発展編〜
  • 2013-05-23#p01 ESTデータベース Entrez Unigeneを使って遺伝子の配列情報を取得する
  • 2013-07-05#p01 Jalviewを使って配列解析・系統樹作成をする 2013
  • 2013-12-18#p01 GeneStudioを使って塩基配列をアセンブルする
  • 2014-02-28#p01 aLeavesとMAFFTを使ってアミノ酸配列収集と系統樹推定を行う
  • 2014-03-05#p01 Collecting amino acid sequences and building a phylogenetic tree on the aLeaves and MAFFT servers.
  • 2015-02-27#p01 InterProを使ってアミノ酸配列からタンパク質の機能を予測する
  • 2015-03-16#p01 Clustal Omega を使ってマルチプルアラインメントを行う
  • 2015-04-13#p01 MAFFT を使ってマルチプルアラインメントを行う
  • 2015-07-14#p01 HomoloGeneを用いた相同的な遺伝子の検索
  • 2015-10-30#p01 Blast2GOを使ってシーケンス配列の機能アノテーションを行う
  • 2016-02-04#p01 Functional Annotation of Sequences using Blast2GO
  • 2016-04-04#p01 SequenceServerを使って自分のPCで簡単BLAST検索