Cytoscape の使い方〜遺伝子発現を例にしたデータの可視化〜

Cytoscapeとは、生物学上のパスウェイや分子間相互作用ネットワークを可視化&解析できるフリーソフトです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。外部のデータベースから情報を取得したり、ネットワークに関する情報を統合することもできます。 「Cytoscape の使い方 〜インストール・基本操作編〜」ではCytoscapeの導入方法と基本的な使い方を説明しました。 この動画では、Cytoscape バージョン 3.2.1 に付属のサンプルデータを使用して、大腸菌Gal4ノックアウト株のマイクロアレイデータを例に、大規模なデータを読み込んで、発現量の変動を可視化し、ネットワークの一部分を抽出する方法について説明します。 Cytoscapeの使い方の資料として過去のAJACS講習会で使われた講義資料PDFもご参考ください。

見どころダイジェスト

  • 00:00 1. Cytoscape で読み込めるファイル形式の説明
  • 00:32 2. ネットワークデータ (galFiltered.csv) の内容説明
  • 01:08 3. ネットワークデータ (galFiltered.csv) の読み込み
  • 02:42 4. マイクロアレイデータ (galExpData.csv) の内容説明
  • 03:18 5. マイクロアレイデータ (galExpData.csv) の読み込み・レイアウトとスタイルの変更
  • 05:11 6. 遺伝子発現量の変動の可視化
  • 07:43 7. 表示領域の移動
  • 08:25 8. フィルターによるネットワークの選択と抽出
  • 10:43 9. ノード情報の確認・ネットワーク上の特徴のある部分の抽出

動画ファイルのダウンロード

150708cytoscape_exp.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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