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統合TVの論文が Briefings in Bioinformatics に掲載されました！（2011/7/29）

TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. （2011/7/29）
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2012-04-02

_ [presentation] DDBJのサービス紹介

DDBJのサービス紹介
本日の統合TVは、2012年3月2日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷11から、国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター 中村 保一 教授 による「DDBJのサービス紹介」をお送りします。約45分です。 YouTube版はこちらです。
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Keywords: DBCLS,NBDC,AJACS,DDBJ
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原著作者はバイオサイエンスデータベースセンターですCopyright holder is National Bioscience Database Center, JST.　Creative Commons License

スライドをクリックすると、その場面から動画が再生されます。When a slide is clicked, video is played from the scene.

DDBJのサービス紹介 DDBJのサービス紹介 ゴメンナサイ DDBJ等のサービス紹介 自己紹介 主要な著作・翻訳 [Trad] DDBJ DNA Data Bank of Japan DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/) 遺伝研/DDBJは静岡県三島市にあります 塩基配列データバンク 国際塩基配列データベースの一員 学術誌、論文 遺伝子に関する論文には「登録」が不可欠 DDBJ登録ファイルの例 現在の塩基配列データの量 DDBJに多くの配列が登録された生物種 キーワード検索あれこれ DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/) ARSA 検索結果:絞り込みが必要だな… Advanced Searchへ いくつかの特徴で絞り込み おやおや Escherichia coli o157 sakaiでどや Escherichia coli o157 sakai株ゲノム BA00007を開く→フラットファイル閲覧 Entrez Entrezで同じ文字列を検索 Entrez大腸菌ゲノムページ Entrez INSDCのリンクを開くと Entrezのフラットファイルを表示 豊富なリンクとツール群 うーむ、がんばらねば [New] DB's and Services for NGS NGS example of the NGSs DDBJ Sequence Read Archive(DRA) DDBJ配列リードアーカイブ(DRA) DRA:新型シーケンサデータを保存・共有 DRAsearch:検索システム DRAsearch:Arabidopsisを選択 DRAsearch:RNASeqを選択 DRAsearch:Arabidopsis & RNASeq DRAsearch:SRP006839 DRAsearch:SRX065809 SRAのMetadata メタベータ構成の例 See:Ducumentation DDBJの全「ゲノム」(WGS)登録数の拡大 DDBJ BioProject(New!) DDBJ BioProjectとは data data data data data SRA終了!? EBIs response DDBJs response NCBI will continue to operate the SRA コスト:ストレイジ/配列決定 将来・・・(コスト:ストレイジ/配列決定) さらに・・・(コスト:ストレイジ/配列決定) NANOPORE sequencer 次々世代シーケンサに必要な配列DBとは Strange things in the Refseq / nr DB Identifier mutation by Excel(2-sep) Identifier mutation made by Excel SEPT2→2-Sep case in Refseq How to Avoid such stupid Errors? MicrobeDB.jp project(JST/NBDC) MicrobeDB.jp projectのご紹介 DDBJ pipeline DDBJ Pipeline:クラウド型解析ツール(1) DDBJ Pipeline:クラウド型解析ツール(2) DDBJ pipeline:ソフトウェア DDBJ pipeline:比較対象 ネットワークを介してDDBJを使い倒す DRA + DRA pipeline:課題 = 出力 新スーパーコンピュータ(from Mar. 2012) 未来の一つの形かもしれないかもしれない Cloud strage with automatic pipeline Ackowledgements ご清聴ありがとうございましたにゃ
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