ArrayExpressを使い倒す2　Atlas of Gene Expressionを使って遺伝子発現状況を調べる

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統合TVの論文が Briefings in Bioinformatics に掲載されました！（2011/7/29）

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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. （2011/7/29）

2012-02-18

_ [遺伝子][発現情報] ArrayExpressを使い倒す2　Atlas of Gene Expressionを使って遺伝子発現状況を調べる

ArrayExpressを使い倒す２　Atlas of Gene Expressionを使って遺伝子発現状況を調べる

ArrayExpressはEuropean Bioinformatics Institute (EBI)が提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。

ArrayExpressは、以前紹介したNCBI GEOと双璧をなすデータベースで、主にマイクロアレイ実験で得られたデータが2012年2月16日現在、27,765実験分（801,933個のアッセイ）蓄積されています。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。

今回は、Atlas of Gene Expressionを使って、様々な実験条件における興味のある遺伝子の発現状況の高低を、グラフや色の濃淡で表示することにより、分かりやすく閲覧できる方法を紹介しています。例として、筋分化決定因子である"myogenic differentiation 1(myod)"の遺伝子発現状況を検索しました。

※動画にはBGM音声が付与されていますので、閲覧の際にはご注意ください。

YouTube版はこちらです。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。