mfoldを使って核酸の二次構造を予測する〜応用編〜

mfoldは核酸が塩基対を形成する際の自由エネルギー変化を計算して、二次構造を予測するツールです。mfoldでは、自由エネルギーが最小になる塩基対の形成の仕方を計算して二次構造を表示するだけでなく、エネルギー最小のものよりもエネルギーが高いものも計算して、その後の様々な解析に役立つデータが数多く出力されます。基本操作編の動画では二次構造を計算して、構造を見るところまでを解説しましたが、応用編のこの動画では、解析に役に立つ様々なデータを解説します。さらに、一本鎖DNAのフォールディングができるDNA mfoldや短い核酸を簡単にフォールディングできるQuikfoldについても解説しています。

見どころダイジェスト

  • 1.配列入力時のパラメータ設定 (38秒)
  • 01:59 2.Energy dot plotのグラフィックスパラメータを変更する
  • 03:42 3.p-numとh-numを見る
  • 04:20 4.ss-countを見る
  • 05:31 5.二次構造の図のグラフィックスパラメータを変更する
  • 07:51 6.DNA mfoldとQuikfoldの解説

動画ファイルのダウンロード

111025mfold_2.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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