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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2010-08-09

_ [DBCLS][presentation] DBCLS Galaxyの利用法

DBCLS Galaxyの利用法

本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、DBCLS 山口 敦子 特任准教授による「DBCLS Galaxyの利用法」をお送りします。

ゲノムなどの大規模データを対象とした、解析ツールの組み合わせインタフェイス Galaxy の紹介です。Galaxy はプログラミングの知識を必要とせずに、ウェブ上でゲノムなどの大規模データを読み込み、各種解析ツールを使って解析を実行することができます。また、実行した解析手順を保存してワークフローの作成などもでき、実行結果やワークフローは共同研究者と共有することが可能となっています。今回紹介するDBCLS Galaxy は、ペンシルバニア州立大学が中心となって開発している Galaxy をベースとし、日本の生物学研究者を対象として独自のツールや機能を組み込んでいます。後半の実習部分でサーバー不調により一部お見苦しい点がございますがご了承ください。

DBCLS Galaxy の利用法については2009年3月10日放送の番組もあわせてご覧ください。

当日の資料(PDF)はコチラ。約36分です。

YouTube版はこちらです。

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また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: DBCLS Galaxy,genome,openID,workflow

スライドをクリックすると、その場面から講習をご覧になれます。

DBCLS Galaxyの利用法 Galaxyとは DBCLS Galaxyとは DBCLS Galaxyの画面 DBCLS Galaxyの特徴 DBCLS Galaxyの利用例 Step 0. DBCLS OpenIDでログインする Step 1. データの用意 exonデータの取得 SNPsデータの取得 Step 2. ツールを組み合わせてデータ解析 Step 2-1. 区間計算のJoin Step 2-2. グループ化+出現数カウント Step 2-3. ソート Step 2. ツールを組み合わせてデータ解析 Step 2. ツールを組み合わせてデータ解析 Step 3. ワークフローの保存 Step 3. ワークフローの保存 ワークフローエディタ Step 4. 他のユーザとの共有 Step 4. 他のユーザとの共有 Step 5. 解析履歴、ワークフローの公開 Step 5. 解析履歴、ワークフローの公開 Step 5. 解析履歴、ワークフローの公開 まとめ 今後の予定


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