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2009-07-08

_ [macosx][Firefox][塩基配列][配列解析] NCBI BLASTを使って類似配列を検索する

Blast

NCBI BLASTは、問い合わせ配列に類似した配列をデータベース中から検索するツールです。BLASTの名称はBasic Local Alignment Search Toolの頭文字に由来しており、配列解析には欠かせない基本的なツールとなっています。

ここでは、ヒトのheat shock factorのアミノ酸配列を用いて、Environmental samples(環境DNA)に対して検索を行い、類似した配列を検索しています。

環境DNAとは、土壌や海洋などの環境中に生息する微生物から抽出したDNAのことです。今回はヒトのheat shock factorの類似配列をその環境DNAのデータベースで検索したのですが、左の画像にあるように環境中の微生物にもN末端に近い部分に同様の配列が認められました。このことから、この部分に何らかの機能が存在する、ということが推測されます。

画像をクリックするとFlash版のムービーが再生されます。

Flashよりも高画質なQuickTimeムービー版はこちらYouTube版はこちらです。


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