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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2008-02-14

_ [winxp][IE7][ゲノム][遺伝子][塩基配列][配列解析] Ensembl tips 配列の比較をする

Ensembl tips 配列の比較をする 2011

Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。以前、統合TVの番組でもEnsemblでSayaMatcherDASEnsemblゲノムブラウザを使って遺伝子を眺める などを紹介してきましたが、その利便性の高さの一部しかお伝えできていません。そこで数あるEnsemblの便利機能を皆さんに知ってもらうために、"Ensembl tips"というかたちでシリーズ化して今後放送していく予定です。

今回は、その第一弾として多くの人が直面するであろう「配列の比較」に焦点を当てています。Ensemblでは、ヒトやマウスなど生物種間での配列のアラインメント表示はもちろんのこと、ドットプロット(dotplot; ハープロット(harplot)ともいう)による表示や当該領域の並列表示などが可能です。それらの使い方を紹介しています。

画像をクリックすると2011年作成の最新版が再生されます。

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また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: ensembl,sequence,比較,配列

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. ゲノム配列を比較する。(1分33秒)
  2. 2. 複数種のゲノム配列を比較する。(4分40秒)
  3. 3. シンテニー領域を検索する。(6分36秒)

YouTube版はこちらです。


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