_ [macosx][safari][塩基配列][設計ツール] siDirectでsiRNAを設計する

siRNA(「エスアイアールエヌエー」と読みます；small interfering RNAの略です)を用いてRNAi(RNA interference)を起こして目的のmRNAをノックダウンすることが哺乳類に対してもできることが最近わかってきました。

siDirect（「エスアイダイレクト」と読みます）はそのsiRNAをデザインする日本発のツールです。インターフェースや説明書きがすべて英語となっており日本語化されていないので素人にはなじみにくいかもしれませんが、設計したsiRNAが他の遺伝子に影響を及ぼさないか他の遺伝子配列にたいする配列類似性検索も同時に行うことができ、便利なツールとなっています。ただ、そのsiRNAが実際に効いたかどうか等の実験結果は反映されていないのが残念な点です（効いたかどうか確かめたもの(verified)を集めたsiRNAがライブラリという形で売られていますが自分の目的とする細胞(cell line)や組織で効くかどうかはまた別問題です）。右の画像をクリックするとFlash版のムービーが再生されます。

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_ [winxp][IE6][発現情報] MGIの使い方その1　ノックアウトマウス情報の有無を調べる

MGI（Mouse Genome Informatics; 「エムジーアイ」と普通に発音します）は米国メーン州にあるThe Jackson Laboratory（ジャクソン研究所）が提供しているマウスに関する遺伝子、ゲノム、生物学的な情報を提供する統合データベースです。

ここではヒトの脂肪代謝関連遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) alphaを例にして、MGIで閲覧することのできる主な情報と、特にノックアウトマウスの表現型を検索する方法を紹介します。

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_ [winxp][IE7][ゲノム] Ensemblゲノムブラウザを使って遺伝子を眺める

Ensembl では、ゲノム配列上の遺伝子や各種マーカー、SNPなどを眺めることができます

ある遺伝子がゲノム配列上の「どこ」にあって、その周辺に「何」があるのか調べることは、地図から目的の場所を調べるのと似ています。

ここでは、ゲノムブラウザの使い方の一つ（ゲノムブラウザは色々な使い方ができます！）を、Googleマップと対比させて説明しています。

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_ [winxp][IE7][発現情報] MGIの使い方その2　発現情報を調べる

MGI（Mouse Genome Informatics; 「エムジーアイ」と普通に発音します）は米国メーン州にあるThe Jackson Laboratory（ジャクソン研究所）が提供しているマウスに関する遺伝子、ゲノム、生物学的な情報を提供する統合データベースです。

ここではヒトの脂肪代謝関連遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) alphaを例にして、MGIに登録されているさまざまな実験条件で得られた発現情報を閲覧する方法を紹介します。

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_ [macosx][safari][アミノ酸][塩基配列][配列解析][ゲノム] ウイルスの持ち出した宿主の遺伝子配列がコードされている領域をアミノ酸配列レベルでゲノム中から探し当てる

ラウス肉腫ウイルス(Rous sarcoma virus)は、ニワトリで発見された腫瘍形成に関わっている腫瘍ウイルスで、1911年にペイトン・ラウスによって発見されました。2本鎖RNAをゲノムにもつレトロウイルスで、ガンの原因となる遺伝子はsarcomaからsrcと名付けられましたが、実は宿主の細胞にもほとんど同じ遺伝子配列が存在していることが発見されました。ウイルス由来のsrc遺伝子はv-src、細胞由来のものはc-srcと記述されています。

今回はそのv-srcのタンパク質配列を、ラウス肉腫ウイルスのゲノム配列を検索するところから始めて取得し、それをすでに解読されているニワトリのゲノム配列に対してアミノ酸配列のままBLAT検索にかけc-srcがコードされているゲノム上の領域を探し当てます。さらにその2種類のsrcのアラインメントを見ることでsrc遺伝子の遺伝子情報をウイルスがニワトリゲノムから持ち出してから現在に至るまでどこの場所に変異が入ったか、知ることが出来ます。最後に、その場所をUCSC Genome Browserで確認します（なお、UCSC Genome Browserの日本語による解説をkumaさんがここから公開されています）。右の画像をクリックするとFlash版のムービーが再生されます。

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_ [winxp][IE7][文献検索] PubMedの検索結果を定点観測する その1

PubMed（「パブメド」と発音します）は、米国のNCBIから提供されている生物医学文献データベースです。

PubMedで自分の興味あるキーワード等を検索し、関係のありそうな論文の情報収集を日々行っているという人も多いと思います。ここではPubmedの検索結果のRSSフィードを取得し、新着情報のみをすばやく、効率的に得る方法について説明します。

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復旧しました。ご迷惑をおかけいたしましたm( __ __ )m

＜放送事故のお知らせ＞

動画変換時のミスにより、約2分10秒から8分50秒までの間、画面の動きが止まり静止画が映し出されてしまっています。

パソコンやブラウザの不調ではありません。制作者側のミスです。申し訳ありません。

明日には修正版をアップしますので、それまでお待ちください。

待ってられるか！この大バカども！という方は、大変お手数をおかけいたしますが、画面下の制御バーで動画を早送り(8割くらいのところまで)してご覧ください。

_ [macosx][safari][アミノ酸][配列解析] BLAST検索でヒットしたエントリ群のmulti fastaファイルを取得する

ここでは、BLAST検索の結果で得られた、問い合わせ配列と類似性のある配列群の配列をマルチファスタフォーマットで取得する方法について説明しています。この方法を使うことで、配列を1個1個コピー＆ペーストすることなく、まとめて配列を取得することができます。

ムービー中で使用した問い合わせ"P19526"はswissprot (現UniProt)に収録されているhumanのフコース転移酵素Fucosyltransferase1のエントリです。

自分の注目する配列と関連した配列群を集めることで、マルチプルアラインメントや系統樹の作成など、更なる解析に応用することができます。

ここでは、BLAST検索の結果から配列を集めていますが、NCBIのサイトではBLASTの結果でなくても配列IDのリストを作ればmulti fastaファイルを得ることが可能です。

オマケとして、multi fastaファイルから注釈行のみを取り出す方法やエントリIDのリストを取得する方法を、Mac OSXに標準でインストールされている「ターミナル」を使って説明しています。

本編より長いですが、オマケなんです！！

ムービー中で使用したコマンドは以下のようなものです。

grep ">" sequences.fasta > annotation.txt

awk -F\| '/^>/ {print $4}' sequences.fasta > ids.txt

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_ [macosx][safari][発現情報][塩基配列][ゲノム] 遺伝子発現パターンが似ている遺伝子群のゲノム上流配列を一気に取得する

今回は、数回前の番組「Ensemblゲノムブラウザを使って遺伝子を眺める」（2007年9月12日放送）の最後の「そこでBioMartですよ！」を受ける形で、望みの配列情報を取得する方法を紹介しております。ただ、それだけでは生物学的におもしろくないので、以前に紹介したGNF Symatlas（2007年8月16日放送）を用いて脂肪細胞のマーカーとして用いられることの多いFABP4(Fatty Acid Binding Protein4)の発現パターン（発現プロファイル、発現プロフィールも同じ）を調べ、それと似た発現パターン（＝脂肪細胞で発現が高い）を持つ遺伝子をリストアップします。それらの遺伝子のゲノム上の上流配列をEnsemblのBioMartを用いて一気に取得する方法を紹介します。右の画像をクリックするとFlash版のムービーが再生されます。

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