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TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. (2011/7/29)

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2007-08-08

_ [macosx][safari][塩基配列][配列解析] NCBI BLASTを使って機能未知塩基配列の機能を推定する

NCBI BLASTの使い方 〜基本編〜

NCBI BLAST(えぬしーびーあいブラストと発音します)は、問い合わせ配列に類似した配列をデータベース中から検索するツールです。

BLASTの名称はBasic Local Alignment Search Toolの頭文字に由来しており、配列解析には欠かせない、基本的なツールです。

ここでは、サンプル配列の塩基配列を問い合わせ配列として、nr/ntデータベース(冗長性を排した塩基配列データベース)に対して検索を行い、機能を推定する使い方を説明します。

もちろん、塩基配列だけではなく、アミノ酸配列に対しても使えます。

画像をクリックすると2010年作成の最新版が再生されます。

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Keywords: DBCLS,togotv,DNA,塩基配列,アミノ酸,配列解析,BLAST

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. BLASTオプションの指定 (0分22秒)
  2. 2. BLASTの実行 (1分40秒)
  3. 3. アラインメント結果 (3分00秒)
  4. 4. 結果の詳細 (3分56秒)

YouTube版はこちらです。


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